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teaching:mfe:ia [2014/10/14 13:55] stuetzle |
teaching:mfe:ia [2015/03/26 14:25] bersini [Etude et réalisation orientée objet d'une cellule minimale] |
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| ===== Contribution à l'amélioration de la plateforme génomique In Silico DB ===== | ===== Contribution à l'amélioration de la plateforme génomique In Silico DB ===== | ||
| - | Une nouvelle spin-off a vu le jour depuis un an à IRIDIA: In Silico DB (https://insilicodb.org/) mettant à disposition sous une forme aisément exploitable des centaines de milliers d'échantillons de données génomiques permettant un meilleur diagnostic des maladies d'origine génétique et une meilleure compréhension de la biologie moléculaire. L'équipe qui s'en occupe a un besoin pressant de développeurs informatiques permettant d'en améliorer l'interface. Des connaissances en programmation Web sont souhaitées. | + | Une nouvelle spin-off a vu le jour depuis un an à IRIDIA: In Silico DB (https://insilicodb.org/) mettant à disposition sous une forme aisément exploitable des centaines de milliers d'échantillons de données génomiques permettant un meilleur diagnostic des maladies d'origine génétique et une meilleure compréhension de la biologie moléculaire. L'équipe qui s'en occupe a un besoin pressant de développeurs informatiques permettant d'en améliorer l'interface. Des connaissances en programmation Web sont souhaitées. La migration du système de stockage sur un serveur Big Data est aussi un des objectifs actuellement poursuivis par l'équipe en place et permettra au mémorant de se familiariser avec ces nouvelles technologies. |
| * Contact : [[http://code.ulb.ac.be/iridia.people.php?id=1|Hugues Bersini (IRIDIA)]] | * Contact : [[http://code.ulb.ac.be/iridia.people.php?id=1|Hugues Bersini (IRIDIA)]] | ||
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| élémentaire et sa membrane. L'idée est de réaliser le logiciel minimal capable de simuler un organisme vivant. Cette cellule devra être capable | élémentaire et sa membrane. L'idée est de réaliser le logiciel minimal capable de simuler un organisme vivant. Cette cellule devra être capable | ||
| de croître et de spontanément se dupliquer. Il fera suite | de croître et de spontanément se dupliquer. Il fera suite | ||
| - | à une succession de MFE déjà réalisés ces dernières années. | + | à une succession de MFE déjà réalisés ces dernières années. Parmi les amélirations possibles sont en cours la parallélisation du programme suivant une technologie Big Data ou le recours aux processeurs GPU. |
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| * [[http://code.ulb.ac.be/iridia.people.php?id=1|Hugues Bersini (IRIDIA)]] | * [[http://code.ulb.ac.be/iridia.people.php?id=1|Hugues Bersini (IRIDIA)]] | ||
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| - | ===== Comparison of fast heuristics for the longest common subsequence problem ===== | ||
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| - | The [[http://en.wikipedia.org/wiki/Longest_common_subsequence|longest common subsequence (LCS) problem]] has important applications in Computational Biology. Several heuristic methods have been proposed to obtain approximate solutions. These methods require different computation time and obtain solutions of varied quality. In this project, the student will learn several methods that have been proposed in the literature to tackle a difficult optimization problem, and compare them in terms of computation time and quality of the resulting solutions. The final goal is to propose appropriate combinations of existing methods that solve diverse instances of the LCS problem. | ||
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| - | * Contacts : | ||
| - | * [[http://iridia.ulb.ac.be/~manuel|Manuel López-Ibáñez (IRIDIA)]] | ||
| - | * [[http://iridia.ulb.ac.be/~stuetzle|Thomas Stützle (IRIDIA)]] | ||